التنميط الجينى لعترة ديلمارفا من فيروس الإلتهاب الشعبى المعدى

ملخص البحث

تأثر التنوع الجيني وتطور فيروس التهاب الشعب الهوائية المعدي (IBV) بشكل رئيسي بالطفرات في جين السنبلة 1 (S1). ركزت هذه الدراسة على تسلسل الجينوم الكامل لعزل IBV (IBV / Ck / Can / 2558004) ، والذي يمثل سلالات منتشرة بشكل كبير في الدواجن التجارية الكندية ، خاصة فيما يتعلق بالسمات المتعلقة بتسلسل الجين S1 والبروتين. استنادًا إلى سلالة الجين S1 ، ينتمي IBV / Ck / Can / 2558004 إلى سلالة GI-17. وفقًا للمحاذاة الزوجية للجين والبروتين S1 ، كان لدى IBV / Ck / Can / 2558004 99.44-99.63٪ و 98.88-99.25٪ نيوكليوتيد (nt) وحمض أميني مستخلص (aa) ، على التوالي ، مع خمسة Delmarva الكندية (DMV / 1639) تم عزل IBVs في عام 2019 ، وشاركت أيضًا 96.63-97.69٪ و 94.78-97.20٪ nt و aa مع US DMV / 1639 IBVs المعزولة في 2011 و 2019 على التوالي. أظهر تحليل التماثل الإضافي لتسلسل aa وجود بعض الاستبدالات aa في المناطق شديدة التغير (HVRs) لبروتين S1 لـ IBV / Ck / Can / 2558004 مقارنة بعزلات DMV / 1639 الأمريكية ؛ تعرضت معظم هذه البقايا المتغيرة aa لضغط اختيار إيجابي. أظهر التحليل التنبئي للزخارف المحتملة للجليكوزيل والفسفرة بالنيتروجين إما فقدًا أو اكتسابًا في البروتين السكري S1 لـ IBV / Ck / Can / 2558004 مقارنةً بـ S1 في الولايات المتحدة DMV / 1639 IBV. علاوة على ذلك ، أظهر تحليل المعلومات الحيوية أن بعض التغييرات aa داخل بروتين S1 من IBV / Ck / Can / 2558004 قد أثرت على وظيفة وهيكل البروتين S1 ، مما قد يؤدي إلى تقارب ارتباط أقل لبروتين S1 مع البروتين ذي الصلة. يجند (حمض السياليك). في الختام ، كشفت هذه النتائج أن عزلات DMV / 1639 IBV تخضع للتطور المستمر بين الدواجن الكندية.

الكلمات المفتاحيه

الإلتهاب الشعبى ، التنميط الجينى ، الدواجن